การดำเนินโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริที่มีอยู่กว่า 3,000 โครงการ ได้สะท้อนให้เห็นถึงกรอบการดำเนินงานที่เป็นแบบอย่างและเป็นรากฐานสำคัญของปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง ดังพระราชดำรัสเนื่องในวันเฉลิมพระชนมพรรษา เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2548 ว่า

"โครงการพระราชดำรินี่ เปิดเผยให้ทุกคนได้ทั้งนั้น แล้วก็ถ้าปฏิบัติตามโครงการพระราชดำริ ทำอย่างเศรษฐกิจพอเพียง ... ถ้าทุกคนเลื่อมใสต้องพอเพียงก็ปฏิบัติเถิด เพราะถ้าปฏิบัติเศรษฐกิจพอเพียง มันใช้ได้จริงๆ ไปได้จริงๆ แต่ว่าอาจจะไม่ค่อยสบาย ... เศรษฐกิจพอเพียง คือทำให้พอเพียง ถ้าไม่พอเพียงไปไม่ได้ แต่ถ้าพอเพียงสามารถนำพาประเทศไปได้ดี"

หลักการทรงงาน 9 ประการ ที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้ทรงใช้ในการดำเนินโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริตลอดระยะเวลา 60 ปี ที่พสกนิกรควรจะได้น้อมมาเป็นหลักการในการปฏิบัติตน เป็นกรอบความคิดสำหรับใช้ในการบริหารจัดการองค์การ และเป็นหลักในการพัฒนาประเทศ เพื่อความอยู่ดีมีสุขโดยถ้วนหน้า ได้แก่

(1) หลักการ "พอเพียง" และ "พออยู่ -พอกิน" คือ การสร้างความ "พออยู่" "พอกิน" ให้กับคนส่วนใหญ่ของประเทศให้ได้ส่วนก่อนเป็นลำดับแรก ความ "พออยู่ -พอกิน" เป็นรากสำคัญของชีวิตที่พอเพียงและเป็นพื้นฐานในการที่จะพัฒนาตนเอง ชุมชน และประเทศชาติในระยะต่อไป

(2) หลัก "การพึ่งตนเอง" คือ การมุ่งเน้นให้ประชาชนสามารถพึ่งพาตนเอง สามารถมีอาหาร ที่อยู่อาศัย เพียงพอแก่อัตภาพและการดำรงชีพ โดยไม่ต้องตกเป็นเบี้ยล่างหรือพึ่งพาอาศัยผู้อื่น

(3) หลักการ "ระเบิดจากข้างใน" คือ การดำเนินกิจกรรมต่างๆ โดยคำนึงถึงความพร้อมและการมีส่วนริเริ่มดำเนินการโดยประชาชนในพื้นที่ มิใช่การริเริ่มจากภายนอก เช่น การสนับสนุนการประกอบอาชีพโดยการใช้เทคโนโลยีชาวบ้านหรือภูมิปัญญาท้องถิ่นที่เรียบง่ายและมีราคาถูก ชาวบ้านสามารถเรียนรู้ได้เร็วและมีไว้ใช้เอง การสนับสนุนให้ประชาชนอยู่รวมกลุ่มกัน หรือร่วมในกิจกรรมเพื่อสร้างความเข้มแข็งให้ชุมชนของตนก่อน แล้วจึงค่อยขยายการพัฒนาออกมาสู่โลกภายนอก

(4) หลัก "ค่อยเป็นค่อยไป" ตามลำดับขั้นตอน คือ การดำเนินงานที่คำนึงถึงทุกปัจจัยและเงื่อนเวลา ให้มีความพอดี สมดุล รอบคอบ และสอดคล้องกับลักษณะของสังคมและภูมิสังคม มิใช่การดำเนินงานในลักษณะ "ก้าวกระโดด" หรือในแนวทางอนุรักษนิยมสุดโต่ง เช่น การไม่เร่งรัดนำความเจริญเข้าไปสู่ชุมชนในภูมิภาคที่ยังมิได้ทันตั้งตัว แต่ให้มีการเตรียมความพร้อมเพื่อให้มีความสามารถในการรับแรงปะทะจากสถานการณ์ของโลกภายนอกได้

(5) หลักการ "รวมที่จุดเดียว" คือ การดำเนินงานที่มุ่งเน้นการแก้ปัญหาในรูปแบบของ "การพัฒนาแบบผสมผสาน" ที่ให้ผลเป็นการ "บริการรวมที่จุดเดียว" เป็นการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมในการบริหารงาน จากการที่ต่างคนต่างทำมาสู่การประสานงานระหว่างหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ซึ่งปรากฏเป็นรูปธรรมชัดเจนในโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริในทุกภูมิภาคของประเทศ ที่เป็นศูนย์รวมของการศึกษาค้นคว้าทดลองและปฏิบัติการพัฒนาในแขนงต่างๆ โดยยึดถือข้อเท็จจริงและปัญหาในแต่ละภูมิภาคที่แตกต่างกันเป็นหลัก

(6) หลัก "การไม่ติดตำรา" คือ การไม่นำเอาทฤษฎีหรือหลักวิชาการของผู้อื่นมาดำเนินการ โดยปราศจากการพิจารณาให้ถ่องแท้ด้วยสติปัญญาว่ามีความเหมาะสมสอดคล้องกับสภาพชีวิตและความเป็นอยู่ที่แท้จริงของคนไทยและสังคมไทยหรือไม่ นักวิชาการชั้นสูงที่ได้รับการศึกษามาจากตะวันตก มักจะนำแนวคิดและทฤษฎีต่างๆ มาใช้กับประเทศไทยโดยไม่รอมชอมและพิจารณาถึงความแตกต่างในด้านต่างๆ ให้รอบคอบ ในที่สุด ก็มักจะประสบความล้มเหลวหรือไม่บังเกิดผลดีต่างๆ เต็มที่

(7) หลัก "การทำให้ง่าย" (Simplicity) คือ การวางแผน ออกแบบ ค้นหาวิธีการดำเนินงานที่มีลักษณะเรียบง่าย ไม่ยุ่งยากสลับซับซ้อน ทั้งในด้านแนวความคิดและด้านเทคนิควิชาการ มีความสมเหตุสมผล ทำได้รวดเร็ว สามารถแก้ปัญหาให้กับประชาชนได้จริง และสามารถนำไปเป็นตัวอย่างได้

(8) หลักแห่งความเป็นจริงตามธรรมชาติ คือ แนวทางการดำเนินงานเพื่อแก้ไขปัญหาและปรับปรุงเปลี่ยนแปลงสภาวะที่ไม่ปกติให้เข้าสู่ระบบปกติ โดยใช้ธรรมชาติเป็นตัวดำเนินการ เช่น การนำน้ำดีขับไล่น้ำเสียหรือเจือจางน้ำเสียให้กลับเป็นน้ำดีตามจังหวะการขึ้นลงตามธรรมชาติของน้ำ การบำบัดน้ำเสียโดยใช้ผักตบชวา ซึ่งมีอยู่ตามธรรมชาติให้ดูดซับสิ่งสกปรกปนเปื้อนในน้ำ การปลูกป่าโดยไม่ต้องปลูกในโครงการศึกษาวิธีการฟื้นฟูที่ดินเสื่อมโทรมเขาชะงุ้ม อันเนื่องมาจากพระราชดำริ เป็นต้น

(9) หลักการ "ขาดทุน" คือ "กำไร" (Our loss is our gain) คือ การดำเนินงานที่ยึดผลสำเร็จแห่งความ "คุ้มค่า" มากกว่า "คุ้มทุน" คำนึงถึงผลประโยชน์ของคนส่วนรวมมากกว่าผลสำเร็จที่เป็นตัวเลขอันเป็นผลประโยชน์ของกลุ่มคนส่วนน้อย เล็งเห็นผลที่ได้จากการลงทุนเพื่อประโยชน์แก่คนส่วนใหญ่ อันได้แก่ ความอยู่ดีมีสุขของประชาชนซึ่งตีค่าเป็นตัวเงินไม่ได้ ซึ่งถ้าหากพิจารณาตามหลักเศรษฐศาสตร์แล้ว อาจจะถือว่าเป็นการลงทุนที่ขาดทุนหรือไม่คุ้มทุน